珍珠状丘疹的病因目前还不是完全明确，一般认为可能与局部刺激有关，有研究发现包皮过长、个人卫生状况较差、包皮冠状沟感染等都可能是诱发因素。
局部刺激因素
包皮过长影响：包皮过长会使局部卫生不易保持，包皮垢等容易积聚，长期刺激可能引发珍珠状丘疹。有数据显示，存在包皮过长情况的男性中，珍珠状丘疹的发生率相对较高。个人卫生习惯：如果不注重生殖器部位的清洁，污垢长期堆积，对局部皮肤产生持续刺激，也可能增加珍珠状丘疹的发生风险。比如长时间不清洗下体，就可能为珍珠状丘疹的出现创造条件。
生理发育变异
皮脂腺异位：珍珠状丘疹可能是一种生理发育上的变异，是皮脂腺异位导致的。它属于正常的生理现象，就像有些人的身上会有一些正常的生理小变异一样，一般不会对健康造成影响。解剖结构因素：阴茎冠状沟部位的解剖结构特点，也可能与珍珠状丘疹的形成有关。其局部的皮肤组织特性使得一些正常的生理表现可能以珍珠状丘疹的形式呈现出来。
炎症感染影响
包皮龟头炎刺激：如果发生过包皮龟头炎，在炎症消退后可能会遗留珍珠状丘疹。因为炎症过程中局部组织受到损伤和刺激，修复过程中可能出现这种生理结构上的小改变。比如曾经有过明显包皮龟头炎发作史的人，之后发现有珍珠状丘疹的概率相对有所不同。其他局部感染：一些其他的局部感染情况，虽然不是直接导致，但也可能通过间接的方式影响局部环境，从而与珍珠状丘疹的形成有一定关联。不过相对来说，这种关联不是非常直接和普遍，但也是需要考虑的一个方面。