肥厚性心肌病主要是由遗传因素导致的，约60%的患者有家族遗传史，往往是由肌小节蛋白基因突变引起的。比如心脏肌球蛋白重链、肌钙蛋白T等相关基因发生突变，就可能引发肥厚性心肌病。
遗传因素主导
基因变异关键：特定的基因位点出现变异是重要原因，像肌球蛋白结合蛋白C基因等发生突变，会影响心肌细胞的结构和功能，使得心肌异常肥厚。家族聚集性：如果家族中有亲属患肥厚性心肌病，那么其他成员患病风险比普通人高出不少，有家族史的人群要多留意心脏健康状况。
其他相关因素
内分泌紊乱影响：甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会影响心脏代谢，可能促使心肌肥厚，增加患肥厚性心肌病的几率。高血压作用：长期高血压会使心脏后负荷加重，心脏为了克服阻力做功，心肌会代偿性肥厚，进而引发肥厚性心肌病。
发病机制层面
心肌细胞异常增殖：正常情况下心肌细胞增殖受到严格调控，当出现基因等因素异常时，心肌细胞异常增殖，导致心肌厚度增加。信号通路紊乱：一些细胞内的信号通路发生改变，比如钙信号通路等出现异常，影响心肌细胞的收缩和生长，最终导致肥厚性心肌病的发生。