在月经结束后第三天同房并且怀孕了，可能是以下原因导致的：
1.额外排卵：女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响，出现额外排卵。虽然月经刚结束时，通常认为是安全期，但仍有可能发生排卵，导致怀孕。
2.精子在体内存活时间较长：精子在女性体内可以存活数天，即使在安全期，仍有可能有精子存活并与卵子结合受精。
3.月经周期不规律：有些女性的月经周期可能不规律，排卵时间提前或延后，导致安全期不准确。
如果对怀孕的结果存在疑虑，或有其他担忧，建议采取以下措施：
1.自行检测：可以使用验孕棒或早孕试纸进行初步检测，但需要注意正确的使用方法和检测时间。
2.就医确认：如果检测结果为阳性或存在疑虑，可以及时就医，进行血液hcg检测或B超检查，以确认是否怀孕。
3.咨询医生：医生可以提供更详细和个性化的建议，包括进一步的产前检查、孕期注意事项等。
需要注意的是，每个人的身体情况和生理周期都有所不同，安全期避孕并不一定可靠。如果没有怀孕计划，建议在同房时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，以避免意外怀孕的发生。此外，保持良好的生活习惯和健康的心态对于维持生殖系统的健康也很重要。如果对避孕或生殖健康有任何疑问，建议咨询专业的医生或医疗机构。