在月经结束后第三天同房并且怀孕的原因可能有以下几点：
1.排卵提前：女性的排卵时间可能会因个体差异和环境因素而有所变化。虽然月经结束后的第三天通常被认为是安全期，但有些女性的排卵时间可能会提前，导致在此时受孕。
2.额外的排卵：极少数情况下，女性可能会发生额外的排卵，即使在月经周期的特定阶段也可能排卵。这种情况虽然较为罕见，但仍有可能导致怀孕。
3.精子在体内存活时间长：精子在女性体内可以存活数天，甚至长达5天。如果在排卵前有精子进入女性体内，它们可能会等待卵子的释放并受精。
4.月经周期不规律：某些女性可能存在月经周期不规律的情况，排卵时间难以准确预测。即使月经结束后第三天，仍然有可能处于排卵期间。
需要注意的是，每个人的生理情况都是独特的，排卵时间和受孕机会也会因个体差异而有所不同。如果没有计划怀孕，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药或其他合适的避孕方法，以减少意外怀孕的风险。此外，如果对怀孕或生育健康有任何疑虑或担忧，最好咨询医生或专业的医疗保健提供者，他们可以提供更具体和个性化的建议。