慢性肠胃炎的用药需根据具体症状来选择，比如有腹痛症状时，可使用匹维溴铵等药物缓解；若有胃酸分泌过多情况，常用奥美拉唑等抑制胃酸分泌的药物。一般来说，治疗慢性肠胃炎的药物有好几类。
抑制胃酸分泌的药物
质子泵抑制剂：像奥美拉唑，它能抑制胃壁细胞上的质子泵，减少胃酸分泌，通常可以缓解因胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状。一般适用于胃酸分泌较多导致慢性肠胃炎症状明显的患者。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，通过阻断胃黏膜细胞的H₂受体，减少胃酸分泌，对缓解慢性肠胃炎相关的胃部不适有一定作用，不过相比质子泵抑制剂，抑制胃酸的作用相对弱一些。
保护胃黏膜的药物
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，并且在胃黏膜表面形成一层保护屏障，防止胃酸、胆汁等对胃黏膜的进一步损伤，能缓解慢性肠胃炎患者的胃痛、胃胀等症状。一般服用后很快就能发挥作用。枸橼酸铋钾：在胃内酸性环境下，会形成弥散性的保护层覆盖于溃疡面上，促进溃疡黏膜再生和溃疡愈合，从而保护胃黏膜，常用于慢性肠胃炎伴有胃黏膜损伤的情况。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片：里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性肠胃炎引起的肠道功能紊乱有一定的调节作用。一般适用于肠道菌群失调导致慢性肠胃炎症状的患者。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：可促进有益厌氧菌生长，抑制有害菌，调整肠道菌群，帮助慢性肠胃炎患者恢复肠道正常的微生态环境，缓解腹泻、腹胀等相关症状。