如果女性自然流产没有流干净，可能会有以下三种后果：
一、损伤子宫、感染炎症：女性自然流产未净时需要进行清宫处理，而清宫操作会对子宫内膜造成损伤，致使其逐渐变薄，从而影响日后正常受孕。此外，如果术后护理不佳，还容易引发炎症，患上妇科疾病。比如，子宫内膜炎会导致下腹疼痛、白带增多等症状；盆腔炎可能引起下腹坠胀、疼痛及腰骶部酸痛等表现。
二、细菌感染：若女性所选医院不正规，医生在手术时未将器械完全消毒，或者未注重无菌环境的营造，那么女性在该手术中就极有可能出现子宫内感染的情况。倘若细菌感染未被及时发现和清除，甚至可能感染到输卵管和骨盆腔，进而容易导致女性不孕。像一些细菌感染可能引发宫腔积脓，出现发热、下腹疼痛等问题。
三、宫颈或内膜粘黏：当女性进行清宫手术时，如果医生的操作技术欠佳，就容易出现子宫穿孔的情况。若子宫内有异物滞留，还容易出现大出血、月经淋漓不尽甚至不孕等后果。比如，严重的宫颈粘黏会导致闭经、周期性腹痛等症状。
总之，女性自然流产后如果没有处理好，可能会引发一系列严重后果，对身体造成极大的伤害，一定要重视起来并妥善处理。