如果女性自然流产没有流干净，可能出现以下三种后果：
一、损伤子宫、感染炎症
如果女性自然流产后有残留物质未清理干净，就需要进行清宫处理。而清宫操作会对女性子宫内膜造成一定损伤，导致子宫内膜逐渐变薄，这会对日后正常受孕产生不利影响。此外，如果女性在术后护理不当，极易引发炎症，从而患上妇科疾病。
二、细菌感染
若女性选择的医院不正规，医生在进行手术时未能将器械彻底消毒，或者手术过程中未重视无菌环境的营造，那么女性在该手术中很可能出现子宫内感染的情况。倘若细菌感染未能及时被发现和清除，甚至可能感染到女性的输卵管和骨盆腔，进而容易导致女性出现不孕的后果。
三、宫颈或内膜粘黏
当女性进行清宫手术时，如果医生的操作技术欠佳，容易出现子宫穿孔的状况。若子宫内有异物滞留，就很容易出现大出血、月经淋漓不尽，甚至导致不孕等不良后果。
总之，女性自然流产后若未清理干净，会带来一系列严重后果，需要格外重视和谨慎处理。