胚胎不着床的原因有多种，其中女性自身因素较为常见，约占30% - 40%。比如子宫内膜因素，子宫内膜厚度不合适会影响着床，正常适宜着床的子宫内膜厚度一般在8 - 12毫米之间，如果太薄或太厚都可能导致胚胎不着床；还有子宫内膜容受性异常，这是一种复杂的生理状态，若出现问题也会阻碍胚胎着床。
女性生殖系统疾病因素
输卵管因素：输卵管炎症会影响输卵管的正常功能，比如输卵管粘连、堵塞等情况，会阻碍受精卵的运输，使得胚胎无法顺利到达子宫腔完成着床。据统计，因输卵管因素导致胚胎不着床的情况占女性因素的15% - 25%。内分泌因素：女性体内的激素水平异常也会影响胚胎着床，例如黄体功能不全，会使得黄体分泌的孕激素不足，子宫内膜不能很好地转化为适宜胚胎着床的状态，一般有30%左右的胚胎不着床与黄体功能不全有关。
男性因素
精子质量问题：精子的数量、活力和形态异常都可能影响胚胎着床。一般来说，精子存活率低于58%、前向运动精子少于32%就属于异常情况，这样的精子很难使卵子正常受精并让胚胎成功着床，约有10% - 20%的胚胎不着床是由于男性精子质量问题导致的。染色体异常：男性精子染色体异常也会影响胚胎的正常发育和着床，若精子染色体出现数目或结构异常，会增加胚胎不着床以及胚胎停育等情况的发生风险。
免疫因素
自身免疫异常：女性体内存在抗子宫内膜抗体、抗精子抗体等自身抗体时，会影响胚胎的着床。例如抗子宫内膜抗体阳性的女性，抗体可能会攻击子宫内膜，干扰胚胎的着床过程，约有10% - 15%的胚胎不着床与自身免疫异常有关。同种免疫异常：母体对胚胎的免疫排斥反应也可能导致胚胎不着床，母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，使得胚胎无法在子宫内着床生长。