胚胎不着床的原因有多种，其中女性自身因素较为常见。比如子宫内膜因素，子宫内膜厚度异常就可能影响胚胎着床，一般来说，子宫内膜厚度在8~12毫米时较利于胚胎着床，若厚度过薄（小于8毫米）或过厚（大于12毫米）都可能降低着床几率。
一、女性自身因素
1. 子宫内膜问题： 除了厚度，子宫内膜的容受性也很关键。如果子宫内膜存在炎症、息肉等病变，会破坏内膜的正常结构和功能，影响胚胎着床。例如子宫内膜炎，它会使局部环境变差，不利于胚胎种植。2. 内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床起着重要作用。像黄体功能不全，会导致孕酮分泌不足，而孕酮不足会使子宫内膜分泌反应不良，从而影响胚胎着床，有研究表明约有10%~20%的复发性种植失败与黄体功能不全有关。
二、胚胎因素
1. 胚胎染色体异常： 这是导致胚胎不着床的重要原因之一。据统计，在自然流产的胚胎中，约50%~60%存在染色体异常。如果胚胎染色体数目或结构异常，会使胚胎质量不佳，难以成功着床。2. 胚胎质量问题： 除了染色体异常，胚胎的发育潜能也很重要。如果胚胎本身发育缓慢、形态异常等，也会影响其着床能力。
三、免疫因素
1. 自身免疫异常： 女性自身存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血管形成，阻碍胚胎的血供，进而影响胚胎着床。例如抗磷脂综合征患者，体内的自身抗体可导致胎盘血栓形成，影响胚胎着床。2. 同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强也会导致胚胎不着床。如果母体免疫系统不能正确识别胚胎，将其当作外来物质进行攻击，就会使胚胎难以在子宫内着床。