马蹄肾是一种先天性肾脏融合畸形，治疗需根据具体情况而定。对于无症状且无并发症的马蹄肾，通常无需特殊治疗，但需定期随访观察，一般建议每6~12个月进行一次超声等检查。
无症状与轻微症状的处理
定期监测： 如果马蹄肾患者没有明显症状，比如没有腰痛、血尿、感染等情况，需要定期进行泌尿系统超声检查，观察肾脏的形态、结构以及功能变化，一般建议每半年到一年检查一次。生活方式调整： 要注意保持健康的生活方式，适量饮水，每天保证1500~2000毫升的饮水量，有助于减少泌尿系统结石等并发症的发生风险。同时，要避免过度劳累，适当进行体育锻炼，但要注意运动强度，避免剧烈运动对肾脏造成不良影响。
出现并发症时的治疗
肾积水的处理： 如果马蹄肾导致肾积水，当肾积水较轻时，可以先密切观察；如果肾积水较为严重，影响到肾脏功能，可能需要考虑手术治疗，比如进行肾盂成形术等，解除梗阻，保护肾脏功能。一般来说，当肾积水引起肾功能轻度受损，或者肾积水进行性加重时，就需要积极干预。泌尿系统感染的治疗： 要是马蹄肾患者发生泌尿系统感染，需要使用抗生素进行治疗。常用的抗生素有头孢菌素类等，根据感染的严重程度和病原菌的种类来选择合适的抗生素。一般轻度感染可以口服抗生素，疗程通常为7~10天；如果是严重感染，可能需要静脉使用抗生素，疗程可能会延长。
存在结石时的治疗
小结石的处理： 对于马蹄肾患者出现的小结石，如果结石直径小于0.6厘米，且没有引起明显症状，可以通过大量饮水、适度运动等方式促进结石自行排出。每天饮水量要增加到2000毫升以上，同时可以进行跳绳、爬楼梯等运动，帮助结石排出。大结石或复杂结石的治疗： 如果结石较大或者位置复杂，难以自行排出，可能需要采用体外冲击波碎石、输尿管镜取石或者经皮肾镜取石等手术方式。体外冲击波碎石适用于结石直径在2厘米以下的情况，而输尿管镜取石或经皮肾镜取石则适用于较大或复杂的结石，但手术都存在一定的风险，需要根据患者的具体情况来综合判断。