拉完肚子后肚子疼可能由多种原因引起，比如肠道痉挛，这是比较常见的情况，一般持续时间较短，可能几分钟到几十分钟不等。
肠道感染未完全恢复
细菌感染后：如果是细菌感染导致的腹泻，比如感染了大肠杆菌等，拉完肚子后肠道黏膜仍处于炎症状态，就可能会肚子疼。此时肠道还在修复过程中，炎症刺激会引发疼痛。病毒感染后：像轮状病毒感染引起的腹泻，拉完肚子后肠道功能还未完全恢复正常，也会出现肚子疼的情况，可能还会伴有肠道蠕动不协调的问题。
肠道功能紊乱
饮食因素：如果拉完肚子前吃了刺激性食物，如辛辣、油腻的食物，即使腹泻停止，肠道功能可能还没有调整过来，就会肚子疼。比如大量食用辣椒后腹泻，拉完后肠道受到刺激的部位还可能持续疼痛一段时间。腹部着凉：拉完肚子前腹部着凉，即使腹泻缓解，腹部的肌肉等组织可能还处于应激状态，也会导致肚子疼。尤其是腹部保暖不够时，这种情况更容易发生。
肠易激综合征相关
肠道敏感人群：本身是肠易激综合征的患者，拉完肚子后也可能出现肚子疼的情况。这类人群的肠道对各种刺激比较敏感，腹泻后肠道的神经调节等功能失调，就会引发疼痛，而且疼痛程度和表现可能因人而异，有的可能是隐痛，有的可能是阵发性的疼痛。