乙脑疫苗接种后发烧39度可能是正常的不良反应，也可能是其他原因引起。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的不良反应：乙脑疫苗是一种活性疫苗，接种后可能会引起身体的免疫反应，导致发热。一般来说，这种发热是暂时的，体温通常会在1-2天内自行恢复正常。如果体温超过38.5度，可以使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。同时，要注意让孩子多喝水，以保持身体水分。
2.其他原因：接种乙脑疫苗后，孩子可能会因为其他原因而发烧，如感染、过敏等。如果孩子除了发烧还有其他症状，如咳嗽、流鼻涕、腹泻等，或者发烧持续时间较长，或者体温过高（超过39度），或者出现其他异常症状，如皮疹、呼吸急促、哭闹不止等，应及时就医，以便明确病因，并进行相应的治疗。
3.就医建议：如果孩子接种乙脑疫苗后发烧39度，家长可以先观察孩子的情况，如果孩子精神状态良好，饮食正常，可以在家中观察，并按照上述建议进行处理。如果孩子精神状态不佳，或出现其他异常症状，应及时就医。在就医时，应告知医生孩子的接种情况，以便医生进行准确的诊断和治疗。
总之，乙脑疫苗接种后发烧39度可能是正常的不良反应，也可能是其他原因引起。家长应密切观察孩子的情况，如果孩子精神状态良好，饮食正常，可以在家中观察，并按照上述建议进行处理。如果孩子精神状态不佳，或出现其他异常症状，应及时就医。