乙脑疫苗发烧39度的处理方法如下：
1.观察身体状况：接种乙脑疫苗后，可能会出现发热等不适反应。如果体温超过38.5℃，但精神状态良好，可以先观察身体状况，多喝水，注意休息。
2.物理降温：可以采用物理降温的方法，如使用温水擦拭身体、使用冰袋敷额头等。但要注意避免过度降温，以免引起寒战。
3.药物治疗：如果体温持续升高或出现其他不适症状，如头痛、乏力等，可以在医生的指导下使用退烧药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。但要注意按照说明书的剂量使用，避免过量服用。
4.就医治疗：如果体温超过39℃，且持续时间较长，或出现其他严重症状，如抽搐、昏迷等，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。
5.注意事项：
在接种乙脑疫苗后，要注意观察身体状况，如有不适及时就医。
避免剧烈运动，注意休息，保持良好的睡眠。
饮食宜清淡，避免食用辛辣、油腻等刺激性食物。
保持接种部位的清洁干燥，避免感染。
如正在服用其他药物，接种乙脑疫苗前应告知医生。