习惯性流产指连续3次及3次以上自然流产，其发生原因较为复杂，常见的有以下几类。
遗传因素导致
染色体异常： 夫妻双方任何一方存在染色体数目或结构异常，都可能引发习惯性流产。比如胚胎染色体数目异常，像常见的三体综合征等情况，就会极大增加流产风险。父母一方如果是平衡易位携带者，也会影响胚胎染色体的正常组成，从而导致多次流产发生。
内分泌失调引发
黄体功能不全： 女性体内黄体分泌的孕酮不足，会使得子宫内膜不能良好地转化，影响胚胎着床和发育。一般来说，黄体期小于12天，就可能存在黄体功能不全的情况，进而增加习惯性流产的几率。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退会导致机体代谢率降低，影响胚胎的正常发育环境；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加流产风险。
子宫解剖结构异常所致
子宫畸形： 比如单角子宫、双角子宫等子宫发育异常的情况，会使子宫腔形态发生改变，影响胚胎的种植和生长空间。宫腔粘连： 多次宫腔操作（如人工流产等）可能导致宫腔粘连，使得宫腔有效容积减小，阻碍胚胎正常发育，增加习惯性流产的发生概率。
免疫因素影响
自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受失衡，母体免疫系统将胚胎当作外来物进行攻击，从而引发习惯性流产。例如封闭抗体缺乏，就可能导致这种免疫耐受异常，增加流产发生的可能性。