双肾胀痛可能由多种原因引起，其中较为常见的是肾结石，当结石在肾脏内移动时，可能刺激肾盂或输尿管平滑肌，导致双肾出现胀痛感，这种情况在泌尿系统结石患者中较为多见。
一、肾脏疾病相关
1. 肾小球肾炎
肾小球肾炎是肾脏的免疫性疾病。急性肾小球肾炎常发生于链球菌感染后，患者除了双肾胀痛外，还可能出现血尿，表现为尿液颜色发红，如洗肉水样；同时伴有水肿，初期多为眼睑和面部水肿，随着病情发展可波及全身。慢性肾小球肾炎则起病隐匿，病情迁延，患者可能会有不同程度的蛋白尿，尿中泡沫增多且不易消散。
2. 肾盂肾炎
肾盂肾炎分为急性和慢性。急性肾盂肾炎发病较急，患者会有发热症状，体温可高达38℃~39℃甚至更高，同时伴有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，还会出现双肾区的胀痛，疼痛较为明显，叩击肾脏时疼痛加剧。慢性肾盂肾炎多由急性肾盂肾炎治疗不彻底转变而来，患者可能会有间歇性的低热，尿液检查可发现白细胞、红细胞等异常。
二、泌尿系统梗阻相关
1. 输尿管结石或血块梗阻
输尿管结石会导致尿液排出受阻，从而引起双肾胀痛。结石大小不同症状有所差异，较小的结石可能会引起输尿管痉挛，导致剧烈的肾绞痛，疼痛可向会阴部放射；如果是血块梗阻，多有相关的出血诱因，比如外伤、泌尿系统肿瘤等引起的出血形成血块堵塞输尿管。患者会感觉双肾部位持续胀痛，同时可能伴有排尿困难等表现。
2. 前列腺增生
在老年男性中较为常见，前列腺增生会压迫尿道，引起尿路梗阻。早期患者可能会出现尿频，尤其是夜尿增多，随着病情进展，会出现排尿困难，如排尿等待、尿线变细等，同时双肾可能会因为尿液排出不畅而出现胀痛感，长期梗阻还可能导致肾功能损害。
三、其他因素相关
1. 腰部肌肉劳损
长期从事重体力劳动或不良姿势工作的人容易出现腰部肌肉劳损。腰部肌肉长时间处于紧张状态，会影响肾脏周围组织的血液循环，患者会感觉双肾部位有胀痛不适，这种胀痛在劳累后会加重，休息后可缓解，一般没有泌尿系统的其他异常表现，如血尿、尿频等。
2. 自身免疫性疾病累及肾脏
像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，可累及肾脏，引起肾脏病变。患者除了双肾胀痛外，还可能有其他系统的表现，比如系统性红斑狼疮患者会有面部红斑、关节疼痛等症状，尿液检查可发现蛋白尿、红细胞等异常，血液中自身抗体检测呈阳性等。