面肌痉挛主要是由血管压迫面神经根部引起的，据统计，约80%~90%的面肌痉挛是由于面神经出脑干区受到动脉血管压迫导致的。
血管压迫因素
动脉血管压迫： 主要是小脑上动脉及其分支，这些动脉血管随着年龄增长可能会发生迂曲、硬化，从而对面神经根部产生压迫。血管的搏动刺激会使得面神经的电生理活动发生改变，进而引发面肌痉挛。例如，随着年龄超过40岁，血管发生退行性改变的概率增加，面肌痉挛的发病风险也会相应提高。静脉血管压迫： 静脉血管压迫相对动脉来说概率较低，但也可能导致面肌痉挛。静脉血管一般较细，不过长期的压迫同样会影响面神经的正常传导。
面神经发育异常
髓鞘发育不全： 面神经的髓鞘对于神经冲动的传导起着绝缘和加快传导速度的作用。如果髓鞘发育不全，就会使面神经的电信号传导出现紊乱，容易引发异常的神经冲动，导致面肌痉挛。这种发育异常可能在胚胎发育时期就已经形成。神经纤维异常： 面神经本身的神经纤维如果存在异常，比如神经纤维的排列、结构等方面出现问题，也会影响神经的正常功能，增加面肌痉挛的发生几率。
其他潜在因素
遗传因素： 虽然遗传因素导致面肌痉挛的比例相对较低，但有研究发现，部分家族中面肌痉挛的发病存在一定的遗传倾向。如果家族中有面肌痉挛患者，那么其他家庭成员患面肌痉挛的风险可能会比正常人群稍高一些。肿瘤影响： 极少数情况下，颅内肿瘤等病变可能会对面神经造成压迫或刺激，从而引发面肌痉挛。不过这种情况比较少见，肿瘤相关的面肌痉挛往往还会伴有其他神经系统症状，如头痛、视力障碍等。