面肌痉挛主要是由血管压迫面神经根部引起的，约80%~90%的面肌痉挛是由于面神经出脑干区被动脉血管压迫所致。
血管因素：
动脉压迫： 主要是小脑前下动脉及其分支，还有小脑后下动脉、基底动脉等也可能参与压迫。这些动脉血管随着年龄增长会发生动脉硬化，血管弹性变差，就容易与面神经亲密接触并产生压迫，长期压迫会使面神经传导发生紊乱，从而引发面肌痉挛。一般在中老年人中更常见这种因动脉硬化导致的血管压迫情况。静脉压迫： 静脉压迫相对动脉压迫少见一些，但也有相关病例报道。比如异常走行的静脉对面神经根部形成压迫，同样会干扰面神经的正常功能传导，进而诱发面肌痉挛。
非血管因素：
占位性病变： 颅内的肿瘤、囊肿等占位性病变可能对面神经造成压迫或刺激，从而引起面肌痉挛。像听神经瘤、胆脂瘤等占位性病变，当它们生长到一定程度时，会对面神经产生影响，导致面神经异常放电，引发面肌痉挛。不过这类由占位性病变引起的面肌痉挛相对较少见。遗传因素： 虽然面肌痉挛的遗传因素目前研究还不是特别明确，但有极少数家族性面肌痉挛病例被发现存在一定的遗传倾向。有家族中多人发病的情况，不过具体的遗传方式等还在进一步研究中。
其他可能因素：
面神经损伤： 面部受到外伤、手术损伤等导致面神经损伤后，也有可能引发面肌痉挛。比如面部手术过程中不小心损伤了面神经，或者面部受到严重外伤后，面神经恢复过程中出现异常，就可能出现面肌痉挛的症状。还有一些病毒感染可能会引起面神经的炎症反应，在恢复后也有引发面肌痉挛的可能，不过病毒感染导致面肌痉挛的具体机制还需要进一步深入研究。