面肌痉挛主要是由血管压迫面神经根部引起的，据统计，约80% - 90%的面肌痉挛是由于面神经出脑干区受到动脉血管压迫导致。
病因的解剖因素
面神经根部结构：面神经从脑干发出的根部区域比较纤细，当附近的动脉血管发生迂曲、扩张等情况时，就容易对面神经根部产生压迫。正常情况下，血管和神经之间有蛛网膜下腔缓冲，但如果血管发生变化，这种缓冲作用消失，就会刺激面神经。血管因素细节：常见的压迫血管有小脑上动脉及其分支、小脑前下动脉等。这些动脉在颅内走行过程中，可能因为动脉硬化等原因变得迂曲，进而对面神经根部造成持续的机械性刺激。
内在神经病变因素
神经冲动异常发放：面神经受到血管压迫后，神经纤维之间的正常离子通道等功能可能发生改变，导致神经冲动异常发放。正常的神经传导是有规律的，而异常的冲动发放会使得面部肌肉出现不自主的收缩，从而引发面肌痉挛。神经脱髓鞘改变：长期的血管压迫会使面神经出现脱髓鞘现象。髓鞘对于神经传导起到绝缘等重要作用，脱髓鞘后神经的电信号传导就会出现紊乱，进一步导致面肌痉挛的发生。
遗传相关因素
家族性面肌痉挛情况：虽然面肌痉挛大多是散发的，但有少数家族性面肌痉挛病例被报道。研究发现，家族性面肌痉挛可能与某些遗传基因突变有关。不过，这种遗传因素导致的面肌痉挛相对较为少见，占比可能不足10%。基因与发病关联：目前发现一些与神经发育、离子通道调节等相关的基因可能与面肌痉挛的遗传易感性有关，但具体的基因位点和发病机制还在进一步的研究中。