灰指甲最好的治疗方法需根据具体情况选择，一般常用的有药物治疗、手术治疗等。比如外用药物治疗方面，30%冰醋酸溶液可用于局部涂抹，但需要坚持使用较长时间。
外用药物治疗
局部涂抹类：30%冰醋酸溶液是常见的外用药物，它能抑制真菌生长，但使用时要注意只能涂抹在病甲处，且需要持续使用数月，一般每周使用1 - 2次。复方聚维酮碘搽剂：也可用于灰指甲的外用，它能通过释放碘和聚维酮碘发挥杀菌作用，使用时需先清洁病甲，然后涂抹药液。
口服药物治疗
抗真菌药物：伊曲康唑是常用的口服抗真菌药，它采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用3 - 4个月，但服用前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是口服抗真菌药物，一般连续服用3个月左右，同样需要关注肝功能情况，且孕妇和哺乳期女性禁用。
手术治疗
病甲清除术：对于病情较轻的患者，可以采用手术拔除病甲的方法，但这种方法创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且术后仍有复发的可能，并且在手术过程中要注意严格消毒，防止感染。激光治疗：激光治疗灰指甲是利用特定波长的激光破坏真菌细胞结构来达到治疗目的，一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，治疗过程相对较舒适，对周围正常组织损伤较小，但费用相对较高。