灰指甲是由皮肤癣菌等真菌侵犯甲板或甲下所引起的疾病，治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法来改善。通常来说，综合治疗效果相对较好，但具体效果因个体差异而异。
外用药物治疗
局部涂抹制剂：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能通过抑制真菌细胞膜合成发挥抗真菌作用。一般每周使用1-2次，坚持使用几个月可能会有效果，但使用时要注意按照正确方法涂抹，从甲根向甲游离缘涂抹。碘酊：浓度一般为3%，可以每天涂抹病变指甲，但碘酊刺激性相对较大，可能会引起甲周皮肤的不适。
口服药物治疗
抗真菌药：比如伊曲康唑，它是一种合成的三氮唑类广谱抗真菌药，作用机制是高度选择性干扰真菌的细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成。采用冲击疗法，即每月服药1周，连续数月。不过口服抗真菌药有一定的肝毒性风险，所以在用药前和用药过程中需要监测肝功能。特比萘芬：也是常用的口服抗真菌药物，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌死亡。一般疗程相对较短，但同样需要关注肝功能等情况。
手术治疗
拔甲术：过去常用的方法，就是把患病的指甲拔掉。不过现在应用相对少一些，因为拔甲后创面恢复需要一定时间，而且新长出来的指甲也有可能再次感染真菌，并且拔甲过程中会有一定痛苦，术后还需要精心护理防止感染等并发症。激光治疗：利用特定波长的激光来破坏真菌生存的环境，从而达到抑制真菌的目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，但具体效果因人而异，有些患者经过激光治疗后灰指甲情况会有所改善。不过激光治疗的费用相对可能较高。