灰指甲最好的治疗方法包括外用药物治疗、口服药物治疗以及手术治疗等。一般来说，外用药物治疗相对较为保守，比如使用30%冰醋酸溶液，需要长期坚持使用，可能需要数月时间才能看到效果；口服药物治疗常用的有伊曲康唑等，通常需要连续服用几个疗程，一般一个疗程可能需要数周时间，但要注意药物对肝脏的影响，需要定期监测肝功能；手术治疗则是拔除病甲，不过现在应用相对较少。
外用药物治疗
局部涂抹： 可以使用30%冰醋酸溶液，需要每天多次涂抹病甲部位，坚持使用。但要注意涂抹时避免接触周围正常皮肤，防止刺激。另外，还有一些含有阿莫罗芬等成分的外用制剂，也能起到抑制真菌的作用，一般每周使用1 - 2次即可。不过外用药物治疗的疗程相对较长，通常需要数月才能有明显效果。封包处理： 对于病甲较厚的情况，可以先将病甲软化，比如用温水泡脚后，再使用外用抗真菌药物并进行封包，这样能让药物更好地渗透到病甲内部，提高治疗效果。但封包过程中要注意时间和温度，避免烫伤皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑： 采用冲击疗法，即每次200mg，每天2次，连用1周，停药3周为一个疗程，一般需要服用2 - 3个疗程。不过在服用伊曲康唑之前，需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。如果肝功能正常，才可以考虑使用该药物进行治疗。特比萘芬： 一般是每天口服250mg，连续服用6 - 12周。同样，在用药前也需要监测肝功能，它也可能引起肝脏相关的不良反应。口服药物治疗相对外用药物效果可能更快一些，但需要关注药物的副作用。
手术治疗
病甲拔除： 过去会采用手术拔除病甲的方法，但现在由于外用和口服药物治疗的效果逐渐被认可，手术治疗的应用相对减少。手术拔除病甲后，需要配合抗真菌药物治疗，而且术后要注意伤口的护理，防止感染，恢复时间相对较长，并且病甲有复发再感染的可能。比如拔除病甲后，新长出的指甲仍有可能再次被真菌感染而成为灰指甲。总之，灰指甲的治疗方法各有优缺点，患者需要在医生的指导下根据自身情况选择合适的治疗方法，同时要注意保持足部或手部的清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。