慢性肠结肠炎的治疗药物需根据具体病情选择，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，一般使用数周后可见效，它能抑制肠道炎症反应。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，通过在肠道分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸发挥作用，可减轻肠道炎症，一般需连续服用数周观察效果。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸类药物，有口服剂型和灌肠剂型，口服美沙拉嗪适用于轻中度慢性肠结肠炎，灌肠剂型则更针对直肠、乙状结肠部位的炎症，局部作用强。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于中效糖皮质激素，当氨基水杨酸制剂效果不佳时可考虑使用。但长期使用可能会有副作用，比如引起骨质疏松等，一般在病情较重时短期应用。氢化可的松： 可用于病情较重的急性发作期，多采用静脉给药的方式，能快速减轻肠道炎症反应，但需密切监测副作用。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或有激素依赖的慢性肠结肠炎患者。它需要较长时间起效，一般服用数月后可能发挥作用，且要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，可用于慢性肠结肠炎的维持治疗，使用过程中同样要注意血液系统等方面的不良反应。
生物制剂类药物
英夫利西单抗： 是一种抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，对于重度的、对传统治疗药物无效的慢性肠结肠炎有较好的疗效，但价格相对较高，且使用前需要进行严格的筛查，排除感染等禁忌证。阿达木单抗： 也是生物制剂，可用于部分慢性肠结肠炎患者的治疗，同样需要在医生评估后使用，并且要关注用药后的感染等风险。