慢性结肠炎的治疗药物需根据具体病情选择，常用药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。例如氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，对轻中度慢性结肠炎有较好疗效。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 可抑制肠道炎症反应，适用于轻至中度的慢性结肠炎。它能作用于肠道炎症部位，减轻肠道的充血、水肿等炎症表现。柳氮磺吡啶： 也是常用的氨基水杨酸制剂，口服后在肠道分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸发挥抗炎作用，对慢性结肠炎有一定治疗效果，但部分患者可能会出现过敏等不良反应。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度慢性结肠炎患者可使用。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等。氢化可的松： 可局部灌肠使用，对于左半结肠型的慢性结肠炎，通过灌肠能直接作用于肠道病变部位，起到抗炎作用，相对全身性应用副作用相对较小，但也需注意可能出现的局部刺激等情况。
免疫抑制剂药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于慢性结肠炎的治疗，同样存在骨髓抑制等潜在不良反应，使用时要密切关注患者血象变化。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 可以调节肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境，对于慢性结肠炎伴有肠道菌群失调的患者有一定辅助治疗作用。它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长。枯草杆菌二联活菌颗粒： 也能调节肠道菌群，促进肠道正常功能的恢复，有助于缓解慢性结肠炎引起的腹泻、腹胀等症状，该药物相对比较安全，婴幼儿也可使用。