慢性肠炎的治疗药物需根据具体病因和症状来选择，一般来说常用药物有抗生素、止泻药、肠道益生菌等。比如细菌感染引起的慢性肠炎，可选用诺氟沙星等抗生素；如果有腹泻症状，蒙脱石散可起到止泻作用；而肠道菌群失调导致的慢性肠炎，双歧杆菌四联活菌片等肠道益生菌能调节肠道菌群。
抗生素类药物
细菌感染引发的慢性肠炎： 若慢性肠炎是由细菌感染导致，常用的抗生素有诺氟沙星。它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。不过，18岁以下青少年禁用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。还有左氧氟沙星，对革兰阴性菌和革兰阳性菌都有较好的抗菌活性，但孕妇、哺乳期女性以及18岁以下人群也要避免使用。
止泻类药物
缓解腹泻症状： 蒙脱石散是常用的止泻药，它可以在肠道内形成一层保护膜，覆盖、保护肠道黏膜，吸附肠道内的病原体和毒素，一般成人每次服用1袋（3克），每天3次。药用炭片也能吸附肠道内的气体、细菌和毒素，减轻腹泻症状，但不宜与抗生素同时服用，以免影响抗生素疗效。
肠道益生菌类药物
调节肠道菌群： 双歧杆菌四联活菌片含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。一般饭后半小时用温水送服，儿童用药需在医生指导下减量使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊也是常用的肠道益生菌制剂，它能促进有益菌生长，抑制有害菌繁殖，维持肠道微生态平衡，服用时同样需注意避免与抗菌药物同服。