胃溃疡的药物治疗需根据病情合理选择，一般常用抑制胃酸分泌药、保护胃黏膜药等。通常抑制胃酸分泌的质子泵抑制剂如奥美拉唑等效果较好，能有效减少胃酸对溃疡面的刺激。
抑制胃酸分泌类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强力抑制胃酸分泌，像奥美拉唑，它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而促进溃疡愈合。一般来说，它能持续抑制胃酸分泌长达24小时以上。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，其抑制胃酸分泌的作用比奥美拉唑稍弱，但也能有效缓解胃溃疡患者的症状，通常可使胃酸分泌减少50% - 70%。
保护胃黏膜类药物
铋剂：像枸橼酸铋钾，它在溃疡表面形成一层保护膜，阻止胃酸、酶及食物对溃疡黏膜的侵蚀，还能促进黏膜修复和溃疡愈合。而且它还可以杀灭幽门螺杆菌，对伴有幽门螺杆菌感染的胃溃疡患者有很好的辅助治疗作用。弱碱性抗酸剂：比如氢氧化铝，它能中和胃酸，短暂缓解疼痛，不过作用时间较短，需要多次服用，一般在胃酸分泌高峰时服用效果较好，可迅速中和胃酸，降低胃内酸度。
抗幽门螺杆菌药物
如果胃溃疡伴有幽门螺杆菌感染，就需要使用抗幽门螺杆菌药物。常用的是抗生素联合用药，如阿莫西林联合克拉霉素。阿莫西林是一种广谱青霉素类抗生素，克拉霉素是大环内酯类抗生素，两者联合使用可以有效杀灭幽门螺杆菌，一般需要连续服用10 - 14天，能显著提高胃溃疡的愈合率并降低复发率。不过，对于青霉素过敏的患者，不能使用阿莫西林，需换用其他合适的抗生素。