口腔溃疡的治疗药物有多种，一般来说局部用药效果较好，比如使用西瓜霜喷剂，通常能在几天内缓解症状。
局部外用药物
含漱剂： 常用的有氯己定含漱液，它可以起到杀菌消炎的作用，能减少口腔内的细菌滋生，有助于口腔溃疡的愈合，一般每天含漱数次。散剂： 像冰硼散，直接撒在溃疡面上，有消肿止痛的功效，不过使用时要注意避免吞咽。
促进愈合的药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它能促进细胞的增殖、分化，加快溃疡创面的愈合。一般每天涂抹数次，涂抹后尽量不要马上进食或喝水，让药物充分发挥作用。维生素类药物： 维生素B₂、维生素C等对口腔溃疡也有一定的辅助治疗作用。比如维生素B₂可以维持黏膜的正常代谢，平时可以通过多吃富含维生素B₂的食物，如奶类、蛋类等，也可以在医生指导下服用制剂。
止痛类药物
利多卡因凝胶： 这是一种局部麻醉药，能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛。但它不能频繁使用，因为频繁使用可能会产生一些不良反应，一般在疼痛明显时短时间使用。苯佐卡因凝胶： 同样有止痛的效果，使用时要注意按照正确的方法，避免过量使用。
免疫调节类药物
转移因子口服液： 它可以调节机体的免疫功能，对于一些因免疫因素引起的口腔溃疡有一定的治疗作用。不过这类药物的使用需要在医生的指导下进行，因为它有一定的适用人群和禁忌证。沙利度胺片： 对于一些重症的复发性口腔溃疡可能会用到，但它有较明显的不良反应，比如可能会引起嗜睡等，所以必须严格在医生的评估和指导下使用，一般不用于轻症患者。