怀孕两个月上厕所卫生纸上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月属于孕早期，此时胎盘尚未发育成熟，胚胎着床尚不稳定。如果孕妇过度劳累、性生活频繁、孕酮水平低等，可能会导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长时，可呈现为褐色分泌物。此时需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，需要遵医嘱进行保胎治疗，如卧床休息、使用黄体酮等孕激素类药物。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床，称为异位妊娠，以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，也可能导致阴道流血，常表现为不规则阴道流血，色黯红，量少，淋漓不尽。此外，还可能伴有腹痛、恶心、呕吐等症状。异位妊娠是一种严重的妇产科急腹症，如果不及时治疗，可能会导致大出血、休克等严重后果。因此，如果怀孕两个月出现褐色分泌物，同时伴有腹痛等症状，应及时就医，进行超声检查、血β-hCG检测等，以明确诊断。一旦确诊为异位妊娠，应尽早进行治疗，可选择药物治疗或手术治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，质软，血管丰富，触碰后容易出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，从而导致阴道少量出血，表现为褐色分泌物。宫颈息肉一般通过妇科检查即可确诊，如果确诊为宫颈息肉，可在医生的指导下进行息肉摘除术。
4.其他：除了上述原因外，怀孕两个月上厕所卫生纸上有褐色分泌物还可能与阴道炎、宫颈炎、胎盘前置等因素有关。
总之，怀孕两个月出现褐色分泌物是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，禁止性生活，保持外阴清洁，按时产检。