头顶上长黑痣的原因可能包括先天遗传、紫外线照射以及外伤等。以下是具体情况：
一、先天遗传：黑痣很多时候是天生就有的，这是在胚胎发育过程中发生基因突变造成的，进而使得皮肤出现黑痣。对于这种情况，可以采用液氮冷冻疗法来去除黑痣，即利用液氮的低温使黑痣部位坏死，这种方法比较适合直径较小的黑痣。
二、紫外线照射：当皮肤长时间遭受紫外线的照射，有可能刺激黑色素细胞生成，这样就会导致黑痣在皮肤上出现。对此，患者需要注重日常的防晒工作，可以通过出门涂抹防晒霜、戴帽子和眼镜等方式来改善症状。
三、外伤：一般是机体受到碰撞或挤压等引起，有些患者在外伤痊愈后，没有做好后续护理工作，可能就会导致皮肤受伤处出现色素沉着，从而引发黑痣。此时可以通过电灼疗法来处理，也就是利用高温来烧灼黑痣，将痣烧灼碳化从而去除沉积的黑色素。
总之，引起黑痣的原因是多样的，通常不必过度担忧，但如果黑痣有逐渐变大的情况，就一定要及时就医检查。