半月板微创手术相对安全，但仍可能存在一些后遗症。一般来说，约5% - 10%的患者可能会出现不同程度的后遗症。
一、膝关节疼痛
术后短期疼痛： 部分患者在半月板微创手术后，短期内仍可能有膝关节疼痛，这可能是因为手术创伤导致局部组织炎症反应，一般经过1 - 2周的休息，配合适当的康复治疗，疼痛会逐渐缓解。长期疼痛隐患： 少数患者可能会出现长期的膝关节疼痛，尤其是在上下楼梯、深蹲等动作时明显。这可能与半月板切除过多，导致膝关节力学结构改变，软骨磨损加速有关。
二、膝关节僵硬
早期活动不足导致： 如果患者在半月板微创手术后，没有按照医生的指导及时进行康复锻炼，膝关节可能会出现僵硬。通常建议术后1 - 2天就开始进行膝关节的屈伸等简单活动，如果超过2周仍未有效活动，膝关节僵硬的发生率会明显增加。活动恢复困难： 严重的膝关节僵硬会影响患者的膝关节活动范围，使患者无法正常下蹲、行走等，需要更长时间的康复训练来恢复，有的甚至需要再次就医进行康复干预。
三、肌肉萎缩
废用性肌肉萎缩： 半月板微创手术后，患者因为膝关节疼痛、活动受限等原因，下肢肌肉尤其是股四头肌可能会出现废用性萎缩。一般术后1个月内，如果股四头肌力量明显下降，就需要警惕肌肉萎缩的发生。据统计，约有15% - 20%的患者会出现不同程度的股四头肌萎缩。影响膝关节稳定性： 股四头肌萎缩会影响膝关节的稳定性，进一步加重膝关节的损伤风险，导致患者行走时膝关节容易打软，甚至增加再次受伤的可能性。
四、创伤性关节炎
软骨损伤引发： 半月板微创手术如果操作不当，可能会导致膝关节软骨损伤，进而引发创伤性关节炎。一般在术后数月至数年可能逐渐出现症状，如膝关节肿胀、疼痛持续不缓解，活动时关节有摩擦感等。有研究表明，半月板部分切除术后，发生创伤性关节炎的概率约为10%左右，而半月板全切术后概率相对更高，可达20%以上。