半月板微创手术后可能出现一些后遗症，比如感染，其发生概率相对较低，约在1%左右。另外还有关节僵硬，术后如果没有及时进行康复锻炼，可能在1 - 2周内就会出现关节活动受限的情况。
一、关节疼痛方面的后遗症
慢性疼痛： 部分患者在半月板微创手术后3 - 6个月仍可能存在膝关节慢性疼痛，这可能是因为手术部位修复不完全，或者周围软组织受到影响。一般来说，约有5% - 10%的患者会出现这种长期的关节隐痛情况。疼痛性质变化： 原本的半月板损伤疼痛性质可能改变，比如从刺痛变为钝痛，活动时疼痛可能会加重，上下楼梯或者蹲下站起时更为明显。
二、活动受限相关后遗症
活动范围减小： 除了关节僵硬，还有可能出现活动范围不如预期的情况。正常膝关节屈曲能达到130° - 150°，但术后可能只能达到110°左右，而且在伸直时也可能存在一定障碍，大约有8%的患者会出现这种活动范围明显减小的状况。运动能力下降： 患者术后参与运动的能力会受到影响，比如原本能轻松进行的慢跑等运动，术后可能只能短距离进行，且运动后膝关节不适症状明显，大约有15%的患者会出现运动能力下降的问题。
三、肌肉萎缩后遗症
股四头肌萎缩： 由于膝关节活动减少，股四头肌容易出现萎缩情况。一般在术后2周左右就能观察到股四头肌力量减弱，大约有20%的患者会出现不同程度的股四头肌萎缩，表现为大腿肌肉变细。肌肉力量不平衡： 还可能导致膝关节周围肌肉力量不平衡，比如股四头肌和腘绳肌力量对比失调，这会进一步影响膝关节的稳定性，大约有12%的患者会出现肌肉力量不平衡的现象。
四、其他可能后遗症
半月板再次损伤： 虽然微创手术相对损伤小，但仍有极小概率在术后几个月到几年内出现半月板再次损伤，大约概率在0.5%左右，这可能与患者术后活动不当等因素有关。关节弹响： 部分患者会出现关节弹响，可能是因为关节内结构改变，比如滑膜、韧带等受到影响，约有7%的患者会出现偶尔的关节弹响情况。