治疗肠炎的药物选择需根据病因等情况来定，一般来说，常用的有益生菌类药物、抗生素类药物等。比如对于因肠道菌群失调引起的肠炎，益生菌可能有较好效果，而细菌感染导致的肠炎可能需要用抗生素。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒：可调节肠道菌群，能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对因肠道菌群紊乱引发的肠炎有一定辅助治疗作用，适用于各年龄段人群（需遵医嘱使用合适剂量）。双歧杆菌三联活菌胶囊：能补充肠道正常菌群，调整肠道菌群平衡，抑制肠道致病菌生长，帮助改善肠炎症状，儿童和成人都可使用，但儿童用药需在医生指导下调整剂量。
抗生素类药物
诺氟沙星：属于喹诺酮类抗生素，对肠道常见的大肠杆菌等细菌有抗菌作用，可用于细菌感染引起的肠炎，但18岁以下青少年禁用，因为可能影响骨骼发育。头孢克肟：是第三代头孢菌素类抗生素，对多种细菌有抗菌活性，可用于敏感菌导致的肠炎，不过使用前需确认患者不对头孢类药物过敏，儿童使用时需根据体重等调整剂量。
止泻类药物
蒙脱石散：能在肠道内形成保护屏障，吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，起到止泻作用，适用于各种肠炎导致的腹泻症状，儿童和成人都能使用，服用时需注意用适量温水冲服。黄连素片：具有一定的抑菌作用，对肠道细菌感染引起的肠炎导致的腹泻等症状有一定缓解作用，成人常用剂量一般是一次4片左右，一日3次，但儿童使用需在医生指导下减量。
抗炎类药物
美沙拉嗪：对于炎症性肠病如溃疡性结肠炎等引起的肠炎有一定抗炎作用，可通过抑制肠道炎症介质的产生来发挥作用，成人服用剂量等需遵医嘱，儿童使用需谨慎评估。柳氮磺吡啶：主要用于治疗溃疡性结肠炎等肠炎，它在肠道内分解出磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制肠道炎症反应，但此药可能有一些不良反应，使用前需医生评估患者情况，儿童使用要特别谨慎。