肛门有时疼痛可能由多种原因引起，比如痔疮，其中内痔脱出嵌顿或外痔血栓形成时，疼痛较为明显，约有50%左右的痔疮患者会出现不同程度的肛门疼痛症状。
痔疮导致的肛门疼痛
内痔脱出： 当内痔发展到一定程度，排便时容易脱出肛门外，如果不能及时回纳，会引起局部肿胀、疼痛，尤其在脱出后嵌顿时间较长时，疼痛会加剧。外痔炎症： 外痔主要表现为肛门不适，若发生炎症，如血栓性外痔，会出现肛门突发的剧烈疼痛，触摸时可感觉到肛门处有硬结，疼痛程度较为明显。
肛裂引发的肛门疼痛
排便时疼痛： 肛裂患者在排便时，粪便刺激溃疡面的神经末梢，会立刻产生刀割样或烧灼样疼痛，疼痛时间一般持续数分钟到数小时不等。便后疼痛缓解与再次疼痛： 排便后疼痛会有短暂缓解，但随后因肛门括约肌痉挛，又会出现剧烈疼痛，有的患者疼痛可持续数小时甚至一整天。
肛周脓肿造成的肛门疼痛
局部红肿热痛： 肛周脓肿初期会感觉肛门周围出现小硬块或肿块，随后疼痛加剧，伴有局部红肿、发热，随着脓肿的发展，疼痛会越来越明显，呈持续性胀痛或跳痛。全身症状伴随： 当脓肿较大时，除了肛门局部剧烈疼痛外，还可能伴有发热、寒战、乏力等全身症状，体温可能会升高至38℃~39℃左右。
肛窦炎导致的肛门疼痛
坠胀疼痛： 肛窦炎主要表现为肛门部坠胀感，同时伴有疼痛，这种疼痛一般为隐痛或胀痛，在排便时由于粪便刺激发炎的肛窦，疼痛会加重。分泌物增多： 患者还可能出现肛门部有少量脓性或黏液性分泌物，分泌物可刺激肛门周围皮肤，引起瘙痒等不适。