龟头炎的治疗方法需根据不同病因来选择。一般来说，细菌感染引起的龟头炎可使用抗生素类药物，而真菌感染引起的则需用抗真菌药物等。
局部外用药物治疗
抗生素类药膏：如果是细菌感染导致的龟头炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长繁殖，减轻炎症。一般局部涂抹，每天2 - 3次。抗真菌药膏：要是念珠菌等真菌感染引起的龟头炎，可选用克霉唑软膏，它能抑制真菌细胞膜合成，发挥抗真菌作用，涂抹频率通常也是每天2 - 3次。
口服药物治疗
抗生素：对于较为严重的细菌感染性龟头炎，可能需要口服抗生素，比如头孢克肟。它属于头孢菌素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁合成来杀菌，但使用前需确认患者不对头孢类药物过敏。抗真菌药：真菌感染较严重时，口服抗真菌药也是可选方案，像氟康唑，它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成，从而起到抗真菌效果，但孕妇及肝功能不全者需慎用。
一般治疗措施
保持局部清洁：患者要每天用清水清洗龟头部位，保持局部清洁干燥，避免污垢堆积加重炎症。清洗时动作要轻柔，防止损伤龟头皮肤。避免刺激：患病期间要避免性生活，同时要穿宽松的棉质内裤，减少对龟头的摩擦刺激。如果是因包皮过长反复引发龟头炎，在炎症控制后，可考虑择期行包皮环切术。例如，包皮过长者，炎症消退后尽早手术，能从根源上减少龟头炎复发的可能。