治龟头炎用药需根据病因来选。一般来说，细菌感染引起的龟头炎，常用莫匹罗星软膏等抗生素类药物；真菌感染导致的龟头炎，可选用克霉唑乳膏等抗真菌药物。
细菌感染性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥杀菌作用，可用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对细菌感染引发的龟头炎有一定治疗效果。夫西地酸乳膏： 对与皮肤感染有关的各种革兰阳性球菌尤其对葡萄球菌高度敏感，对耐药金黄色葡萄球菌也有效，能帮助缓解细菌感染造成的龟头炎症状。
真菌感染性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 是广谱抗真菌药，作用机制是抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程，对浅部、深部多种真菌有抗菌作用，适用于真菌感染引起的龟头炎。硝酸咪康唑乳膏： 可抑制真菌麦角固醇等固醇的生物合成，损伤真菌细胞膜和改变其通透性，致使重要内容物漏失，能治疗由真菌导致的龟头炎。
其他原因引起的龟头炎用药
甲硝唑凝胶： 如果是滴虫感染引起的龟头炎，甲硝唑凝胶有一定作用，它能阻碍细菌代谢，促使其死亡，对滴虫有杀灭作用。糖皮质激素类药膏： 像氢化可的松乳膏等，若龟头炎是因过敏等因素引起，在细菌或真菌感染得到控制后，短期使用这类药膏可减轻炎症反应，但不能长期大量使用，以免产生不良反应。