舌根经常溃疡可能由多种原因引起，比如复发性阿弗他溃疡，其发生率较高，有资料显示人群中约10%-25%的人会患复发性阿弗他溃疡。
局部创伤因素
牙齿刺激： 如果口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，它们可能会不断摩擦舌根部位，从而导致溃疡反复出现。比如长期存在的锐利牙尖，就会持续刺激舌根黏膜，引发溃疡。不良习惯： 有些人有咬舌、舔舌等不良习惯，频繁刺激舌根，也容易造成溃疡反复。比如经常不自觉地咬到舌根，就会使局部黏膜受损，形成溃疡。
全身因素影响
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B1、B2、B6、B12以及叶酸等维生素时，容易引发口腔溃疡，舌根也可能受累。例如长期挑食、偏食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，进而导致舌根溃疡反复。免疫力低下： 当身体免疫力下降时，如患有某些慢性疾病、长期熬夜、过度劳累等情况，就容易受到病原体的侵袭，使得舌根容易发生溃疡。比如艾滋病患者由于免疫力极度低下，就常常会出现口腔黏膜的反复溃疡，舌根也不例外。内分泌变化： 女性在月经周期、孕期等特殊时期，体内内分泌水平发生变化，也可能导致舌根溃疡频发。比如有些女性在月经前会出现舌根溃疡加重的情况，这与体内激素水平的波动有关。
精神因素作用
长期压力大： 长期处于精神紧张、焦虑、抑郁等状态下，会影响人体的神经调节和免疫系统，从而增加舌根溃疡的发生几率。比如学生在考试期间，由于学习压力大，容易出现舌根溃疡反复发作的情况。