13岁孩子发烧39度的处理方法包括一般治疗、物理治疗和药物治疗。具体如下：
一、一般治疗
孩子发烧39度时，首先要保证其有充足的休息，休息有助于身体恢复。同时，需适当增加饮水量，这样可以促进身体的新陈代谢，对降低体温有帮助。对于那些没有剧烈恶心、呕吐症状的患儿，家长可为其少量喂食清淡、易消化且富含营养的食物，如米粥、鸡蛋羹等，以促进身体尽快康复。
二、物理治疗
孩子发烧到39度时，需要积极采取物理降温措施。比如可以使用温水擦拭孩子的手心、脚心、颈部、腋窝、腹股沟等部位，通过这种方式帮助身体散热，从而使体温降低。
三、药物治疗
1.发烧39度时还应遵医嘱使用退烧药物进行治疗，常用的药物有布洛芬、对乙酰氨基酚等。
2.如果孩子的血液检查结果显示伴随细菌感染，那么还需要使用抗菌药物进行治疗，如阿莫西林、头孢唑林钠等。
3.若提示存在病毒感染，一般情况下无需使用抗病毒药物，因为病毒感染具有自限性。但如果孩子存在免疫缺陷，则可以根据医嘱使用利巴韦林、奥司他韦等抗病毒药物进行治疗。
总结：对于13岁孩子发烧39度的情况，可综合运用一般治疗、物理治疗和药物治疗来帮助孩子降低体温和恢复健康。要根据具体情况选择合适的治疗方法和药物。