肺部真菌感染是否难治不能一概而论，一般来说，早期规范治疗的肺部真菌感染相对没那么难治，但如果发现较晚、患者基础状况差等，就可能比较棘手。比如，对于免疫功能正常的患者，及时使用抗真菌药物治疗，多数可以取得较好疗效。
病情严重程度影响难治性
轻度肺部真菌感染： 如果患者肺部真菌感染范围较小，症状相对较轻，如仅有轻微咳嗽、低热等，在及时明确诊断后，使用抗真菌药物治疗，通常预后较好，不算难治。例如一些因短期接触真菌孢子引起的轻度感染，通过规范用药可较快控制病情。重度肺部真菌感染： 当肺部真菌感染范围广泛，患者出现高热、呼吸困难、呼吸衰竭等严重症状，或者患者本身有严重基础疾病，如艾滋病、长期大剂量使用免疫抑制剂等，导致机体免疫力极度低下时，治疗就会比较困难。这类患者可能需要多种抗真菌药物联合治疗，且治疗周期长，预后也相对较差。
真菌种类影响难治性
常见真菌引起的感染： 像白色念珠菌引起的肺部感染，若能早期发现，使用针对性抗真菌药物，部分患者可以得到有效控制。例如在医院内，对于一些免疫力正常但感染白色念珠菌的患者，通过规范的抗真菌治疗，多数可治愈。少见真菌引起的感染： 一些少见的真菌，如曲霉菌、隐球菌等引起的肺部感染，相对来说治疗难度可能更大。比如曲霉菌感染，有时病情进展迅速，容易出现侵袭性感染，累及多个脏器，治疗上需要更复杂的方案，且预后不确定因素较多。
治疗时机影响难治性
早期治疗： 如果在肺部真菌感染早期就明确诊断并开始治疗，此时真菌对肺部组织的破坏相对较轻，患者机体还能较好地应对，治疗效果通常较好，难治程度低。一般在出现咳嗽、发热等疑似症状后，能尽快进行相关检查（如真菌涂片、培养、胸部影像学检查等）明确诊断并开始治疗，预后相对理想。延误治疗： 若患者延误治疗，真菌在肺部大量繁殖，造成肺部组织严重损伤，如出现肺部脓肿、纤维化等情况，此时再进行治疗，不仅治疗周期会大大延长，而且治疗效果也会大打折扣，病情就会显得比较难治。例如有些患者一开始没有重视咳嗽、低热等症状，延误数周才就诊，此时治疗难度明显增加。