怀孕40天有褐色东西流出，可能有以下几种情况：
一、生理性出血。怀孕40天出现褐色东西流出可能源于受精卵着床时与子宫摩擦产生少量血迹，进而流出褐色液体。这种情况无需特殊处理，通常持续2至3天就会消失。建议孕妇卧床静养，保证充足休息。
二、先兆流产。会有停经后腹痛和阴道少量出血的表现。经超声确认是宫内怀孕后，可遵医嘱使用地屈孕酮片、黄体酮等药物进行保胎治疗。一般治疗7至14天后症状会有所缓解。
三、异位妊娠。孕早期会有阴道出血和下腹疼痛的情况，可通过超声判断是否为异位妊娠。治疗上，可遵医嘱应用米非司酮、甲氨蝶呤等药物，也可选择宫腔镜下输卵管切除术或是卵巢部分切除术等手术方式。同时，孕妇要多休息，保持营养饮食，注重清洁卫生以避免感染。
总之，怀孕早期出现褐色分泌物时，要及时就医，明确原因，并根据具体情况采取相应的治疗措施。