怀孕40天有褐色东西流出，可能有如下原因：
一、先兆流产：这是由于体内孕酮值偏低，孕激素分泌不足难以支持妊娠，可能导致胎儿流产而出血，进而有褐色东西流出。
1.体内孕酮值偏低是关键因素。
2.孕激素不足对妊娠的影响。
3.由此引发流产和出血表现。
二、宫外孕：宫外孕约90%为输卵管妊娠，可能因宫外孕压迫周围组织致其血管破损而出血，比如输卵管破裂或宫外孕流产，血液在宫内积存较长时间排出，或因HCG下降、蜕膜组织脱落，阴道就会出现褐色东西流出。
1.宫外孕的常见类型。
2.对周围组织的影响及导致出血的情况。
3.相关生理变化与褐色东西流出的关系。
三、怀孕后女性自身有宫颈糜烂、子宫内膜宫颈息肉等疾病，受病变部位影响，可能有褐色东西流出。
1.可能存在的宫颈疾病。
2.病变部位对出血的影响。
四、生化妊娠：受精卵未成功着床在女性体内，雌激素、HCG水平下降后有子宫内膜剥脱，因脱落量少且在宫内积存一段时间后排出，会表现为有褐色东西流出。
1.生化妊娠的本质。
2.相关激素水平变化与子宫内膜剥脱的联系。
总之，怀孕40天有褐色东西流出属于异常情况，需及时就诊，具体原因要通过医院检查来判断。