龟头小便时疼痛可能由以下原因引起：
1.龟头炎：龟头或包皮内板有炎症，排尿时尿液刺激病变部位可引起疼痛。还可能伴有龟头红肿、瘙痒、异味等症状。治疗龟头炎通常使用外用消毒溶液清洗，涂抹抗生素药膏，如红霉素软膏、克霉唑乳膏等。
2.尿道炎：尿道发生炎症，排尿时尿液刺激炎症部位会引起疼痛。还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。尿道炎的治疗需要根据病原体选择合适的抗生素，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。
3.前列腺炎：前列腺发生炎症时，排尿时可能会刺激前列腺，引起疼痛，还可能伴有会阴部、耻骨上区疼痛，性功能障碍等症状。前列腺炎的治疗需要综合治疗，包括使用抗生素、α-受体阻滞剂、非甾体抗炎镇痛药等药物，还可以配合前列腺按摩、热水坐浴等物理治疗。
4.泌尿系统结石：如膀胱结石、尿道结石等，排尿时结石移动刺激尿路黏膜，可引起疼痛，还可能伴有血尿、排尿困难等症状。泌尿系统结石的治疗方法包括药物排石、体外冲击波碎石、手术取石等，具体治疗方法需要根据结石的大小、位置等因素决定。
5.其他：包茎、包皮过长、尿道口狭窄等也可能导致龟头小便时疼痛。
如果龟头小便时疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，保持尿道口清洁，避免不洁性行为。