小便龟头疼，常见原因主要有泌尿系统感染与龟头炎。
一、泌尿系统感染。当发生泌尿系统感染时，在小便过程中尿液流出会引发膀胱和尿道痉挛，神经受到刺激便可能出现疼痛，而龟头处于尿道出口位置，所以会表现为龟头疼痛。这种情况通常还伴有尿频、尿痛等症状。
二、龟头炎。龟头发炎时，小便时尿液流经龟头，刺激到发炎部位就容易产生疼痛感觉，一般还会伴有瘙痒、分泌物增多等表现。
出现上述情况需要及时前往医院就诊，通过化验小便以及分泌物等检查来明确诊断。
总结：小便龟头疼可能是泌尿系统感染或龟头炎导致，需就医检查确诊。