小便时龟头疼可能由多种原因引起。比如尿道炎就可能导致这种情况，据统计，男性尿道炎患者中约有一定比例会出现小便时龟头疼痛的症状。
尿道炎导致的龟头疼
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染引起，除了小便时龟头疼，还可能出现尿道脓性分泌物，有过高危性行为的人要警惕。非淋菌性尿道炎：多由衣原体、支原体感染所致，症状相对淋菌性尿道炎较轻，可能有尿道刺痒、少量分泌物等表现。
龟头炎引发的龟头疼
急性浅表性龟头炎：常因局部摩擦、创伤或清洁剂刺激等引起，龟头会出现红肿、糜烂、疼痛，小便时尿液刺激会加重疼痛。念珠菌性龟头炎：多由念珠菌感染引起，可伴有包皮垢增多，龟头部位有红斑、丘疹，并有瘙痒感，小便时也会感觉疼痛。
外伤导致的龟头疼
性生活过度摩擦：如果性生活过于剧烈，可能会造成龟头局部损伤，从而在小便时出现疼痛，一般有明确的性生活过度史。外力撞击：比如骑车时不小心撞到会阴部，导致龟头受伤，也会引起小便时疼痛，有明显的外伤经历。