龟头上有小红疙瘩发痒可能由多种原因导致，包括细菌性龟头炎、真菌性龟头炎、尖锐湿疣、生殖器疱疹、珍珠状丘疹等，应前往正规医院泌尿科或皮肤性病科完善检查，依据感染的病原体选择外用药物或口服药物进行治疗。具体如下：
一、细菌性龟头炎：
1.通常表现为龟头局部皮肤出现红斑、细小的小红疙瘩，并伴有瘙痒、胀痛等不适，即呈现龟头上有小红疙瘩发痒的情况。
2.可以外用红霉素软膏或莫匹罗星软膏进行抗感染治疗。病情较严重者可口服头孢类抗生素如头孢克肟，或喹诺酮类抗生素如左氧氟沙星，或大环内酯类的抗生素如阿奇霉素等进行治疗。
二、真菌性龟头炎：
1.除了有细菌性龟头炎的症状外，龟头上有小红疙瘩发痒的同时，还常伴有龟头表面有豆腐渣样白色分泌物。
2.可选用酮康唑软膏等抗真菌药物治疗，严重者需配合抗真菌药物，如口服伊曲康唑进行治疗。
三、尖锐湿疣：
1.在包皮、冠状沟、龟头、尿道口可见单个细小或多个群集分布淡红色小肉疙瘩，可出现痒痛，早期可表现为龟头上有小红疙瘩发痒，主要是由于人乳头瘤病毒感染引起，多通过性接触传播。
2.需要到医院皮肤性病科诊治，根据肿物大小、部位等，可采用外用药物，如0.5%鬼臼毒素酊涂抹治疗，也可进行冷冻、激光或手术切除治疗。
四、生殖器疱疹：
1.由单纯疱疹病毒引起的性传播疾病，起初为淡红色的小疙瘩，所以早期会表现为龟头上有小红疙瘩发痒，之后会发展成水泡，最后可能会出现破溃、糜烂。
2.需要到医院皮肤性病科诊治，主要采用抗病毒药物，可遵医嘱服用阿昔洛韦等药物进行治疗。
五、珍珠状丘疹：
1.珍珠状丘疹也会导致龟头上有小红疙瘩发痒，常围绕龟头冠状沟排列一圈小红疙瘩，通常没有明显的不适症状。
2.一般情况下不会对人体有危害，不需要特殊处理。但当包皮内总是潮湿时，有可能出现瘙痒。应保持局部干燥清洁，可以用1:5000高锰酸钾溶液浸泡清洗，部分患者做包皮环切术后不适症状有可能减少或消失。
总之，当龟头上出现小红疙瘩发痒的情况时，应及时就医明确原因，并在医生的指导下进行针对性治疗，同时要注意保持局部卫生。