月经干净后小腹隐隐作痛，可能与以下因素有关：
1.排卵痛：月经干净后7~8天左右，可能会发生排卵，此时卵泡破裂，卵子排出，卵泡液对腹膜产生刺激，可能会导致小腹隐隐作痛，通常持续1~2天可自行缓解。
2.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，可能会导致月经干净后小腹隐隐作痛，还可能伴有白带异常、阴道出血等症状。
3.子宫内膜异位症：子宫内膜异位到子宫肌层或其他部位，可能会导致月经干净后小腹隐隐作痛，痛经症状较为明显，且进行性加重。
4.其他：如子宫肌瘤、卵巢囊肿等，也可能会导致月经干净后小腹隐隐作痛。
如果小腹隐隐作痛持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、白带常规、血常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。此外，在日常生活中，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，注意保暖，避免食用辛辣、刺激性食物。