月经干净后小腹隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.排卵性腹痛：月经干净后一周左右，可能会出现一侧下腹隐痛，有时还伴有少许阴道出血，这是由于排卵所致。一般持续1~2天后消失，这种腹痛多为功能性腹痛，可自行缓解。
2.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，也会导致月经干净后小腹隐痛。这类腹痛通常还会伴有白带异常、腰骶部酸痛等症状。
3.子宫内膜异位症：有继发性、渐进性痛经是子宫内膜异位症的典型症状之一，常发生在月经干净后1~2天，可伴有性交痛、肛门坠胀等不适。
4.其他：如子宫肌瘤、卵巢肿瘤等，也可能引起小腹隐痛。
如果月经干净后小腹隐痛持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、妇科检查等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，注意保暖，避免食用辛辣、生冷等刺激性食物。