月经快干净时小腹隐痛可能是正常的，也可能是由疾病引起。以下是一些可能的原因：
1.子宫收缩：月经快干净时，子宫可能会通过收缩来排出剩余的内膜组织，这可能会导致小腹隐痛。
2.前列腺素分泌：前列腺素在月经期间会升高，可能会导致子宫收缩和疼痛。在月经快结束时，前列腺素水平可能仍然较高，从而引起小腹隐痛。
3.炎症：子宫内膜炎、盆腔炎等炎症性疾病可能导致月经快干净时小腹隐痛。
4.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，可能会导致月经期间和月经前后的小腹疼痛。
5.其他：子宫肌瘤、子宫腺肌症等疾病也可能引起月经快干净时小腹隐痛。
如果小腹隐痛不严重，可以先观察。如果疼痛持续时间较长、程度较重、伴有其他症状，如发热、白带异常等，应及时就医，进行相关检查，如超声、妇科检查等，以确定病因，并采取相应的治疗措施。
此外，在月经期间应注意保暖，避免食用辛辣、生冷等刺激性食物，保持良好的生活习惯，有助于缓解月经不适。