肾结石常见病因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是重要因素之一，比如尿液中钙、草酸、尿酸等浓度升高，就容易形成肾结石。有数据显示，约80%的肾结石与尿液成分异常有关。
代谢异常相关病因
尿液中钙含量过高：当身体代谢出现问题时，可能导致尿液中钙的排泄量增加。例如原发性甲状旁腺功能亢进患者，甲状旁腺激素分泌过多，会使骨钙大量释放，进而导致血钙和尿钙升高，长期如此就容易形成含钙的肾结石。草酸摄入过多：日常饮食中如果摄入大量草酸含量高的食物，像菠菜、草莓、巧克力等，会使体内草酸含量增加，经过代谢后，尿液中草酸浓度升高，就为肾结石的形成创造了条件。正常情况下，人体每天草酸的摄入量应控制在一定范围，若长期大量摄入高草酸食物，患肾结石风险会明显上升。
泌尿系统相关病因
尿路梗阻：如果存在尿路狭窄、前列腺增生等情况，会导致尿液排出不畅。尿液在肾脏内停留时间过长，其中的某些成分就会逐渐沉积，形成肾结石。比如前列腺增生患者，由于尿道梗阻，尿液排出受阻，容易引发肾结石。尿路感染：一些细菌、病毒等病原体引起的尿路感染，会改变尿液的成分和酸碱度，有利于结石的形成。而且感染产生的脓块、坏死组织等还可能作为核心，促使矿物质沉积形成结石。例如变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化，从而促进磷酸镁铵等结石的形成。
其他因素导致的病因
水分摄入不足：如果每天饮水量少于1500毫升，尿液就会浓缩，尿液中各种矿物质和溶质的浓度相对升高，容易析出形成结石。一般建议肾结石高危人群每天饮水量保持在2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，降低结石形成风险。某些疾病影响：一些基础疾病也可能增加肾结石的发病几率，如肾小管酸中毒患者，肾脏对酸碱平衡的调节功能出现异常，会影响尿液中成分的代谢，容易形成肾结石；还有长期卧床的患者，由于骨钙流失，血钙增高，同时尿液排泄减少，也容易引发肾结石。