三岁宝宝高烧40度，并没有所谓的最佳处理方法，需结合具体情况来选择。较好的处理方式包括物理治疗和药物治疗。
一、物理治疗：
1.当三岁宝宝高烧40度时，首先应实施物理降温。用温水擦拭患儿的头部、腋下、大腿根部、手心、脚心等部位。
2.还可使用退热贴，将其贴在宝宝的额头上。
3.同时要让宝宝多喝温开水，以帮助降温。
二、药物治疗：
1.需要在医生指导下使用布洛芬混悬液、复方小儿退热栓、对乙酰氨基酚栓等药物进行退烧治疗。
2.此外还要进行血常规检查，若结果显示为细菌感染，则可遵医嘱服用阿莫西林克拉维酸钾颗粒、头孢克洛干混悬剂、丙酸交沙霉素颗粒等药物进行抗感染治疗。
3.若是病毒感染，可遵医嘱服用小儿豉翘清热颗粒、四季抗病毒合剂、蓝芩颗粒等药物进行抗病毒治疗。
总之，对于三岁宝宝高烧40度的情况，要综合运用物理治疗和药物治疗，同时根据检查结果进行相应的抗感染或抗病毒处理，并且治疗过程中要密切观察宝宝的状态，如有异常应及时就医。