生化妊娠主要是由多种因素导致，其中胚胎因素是重要原因之一，大约50% - 60%的生化妊娠是因为受精卵本身质量不佳，比如染色体异常等情况，使得胚胎不能正常发育着床。
母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对妊娠起着关键作用。例如孕酮水平不足时，就难以维持子宫内膜的稳定，不利于受精卵着床。一般来说，正常妊娠时孕酮值会维持在一定水平，若孕酮低于正常范围，就容易引发生化妊娠。免疫因素： 自身免疫异常也可能导致生化妊娠。比如存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血液循环，阻碍胚胎的正常着床和发育。自身免疫性疾病患者发生生化妊娠的风险相对较高。
子宫环境问题
子宫结构异常： 一些女性存在子宫畸形，像纵隔子宫等情况，会影响受精卵的着床位置和着床环境。还有子宫内膜息肉，它会占据子宫内的空间，干扰受精卵的正常着床。据统计，有子宫结构异常的女性发生生化妊娠的几率比子宫正常的女性要高。子宫内膜薄： 子宫内膜厚度不够也不利于受精卵着床。正常情况下，子宫内膜厚度需要达到一定标准（一般在8 - 12毫米左右）才比较有利于受精卵着床，如果子宫内膜厚度小于8毫米，生化妊娠的可能性就会增加。
外界因素干扰
不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒的女性发生生化妊娠的风险会升高。香烟中的尼古丁等有害物质以及酒精都会影响生殖系统的功能，干扰受精卵的正常发育和着床。环境因素： 长期接触一些有毒有害物质，比如化学毒物、放射性物质等，也可能导致生化妊娠。例如在化工环境中工作的女性，长期接触有害化学物质，会对生殖细胞产生不良影响，进而影响妊娠过程。