生化妊娠主要原因较多，其中胚胎因素是常见原因之一，大约50% - 60%的生化妊娠是由于胚胎染色体异常导致的，比如染色体数目异常（如多一条染色体或者少一条染色体等），这种异常会使胚胎发育不良，难以继续着床发育。
母体因素影响
内分泌失调：
黄体功能不全： 黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的子宫内环境，容易引发生化妊娠。一般来说，黄体期孕酮水平低于正常范围时，发生生化妊娠的风险会增加。甲状腺功能异常： 甲状腺激素参与身体的新陈代谢等多种生理过程，与生殖系统功能密切相关。甲状腺功能减退或亢进都可能影响怀孕，甲状腺功能减退时，身体代谢减缓，可能干扰胚胎的正常发育；甲状腺功能亢进时，激素水平紊乱，也会增加生化妊娠的几率。
子宫因素作用
子宫解剖结构异常：
子宫畸形： 像纵隔子宫、双角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫腔的正常形态和内膜环境，使得胚胎着床困难或者着床后难以维持妊娠。例如纵隔子宫，子宫腔内的纵隔会占据部分空间，影响胚胎的着床位置和发育空间。子宫内膜病变： 子宫内膜炎、子宫内膜息肉等病变会改变子宫内膜的容受性。子宫内膜炎会导致子宫内膜充血、水肿，炎性细胞浸润，影响胚胎着床；子宫内膜息肉会占据宫腔内的空间，干扰胚胎着床及发育。
免疫因素干扰
自身免疫异常：
抗磷脂抗体综合征： 体内存在抗磷脂抗体时，会影响胎盘的血管形成，导致胎盘血流灌注不足，进而影响胚胎的发育，增加生化妊娠的发生风险。这种自身免疫性疾病会使血液处于高凝状态，不利于胚胎在子宫内的生长。其他自身抗体异常： 比如抗子宫内膜抗体等，当存在这些自身抗体时，会攻击子宫内膜，破坏内膜的正常结构和功能，影响胚胎着床，引发生化妊娠。